长期以来，烟草专卖体制概括为三句话，即：“统一领导，垂直管理，垄断经营”。1998年6月23日总理专题办公会，26日国务院常务会议，朱镕基总理对烟草工作作出重要指示，明确提出将“垄断经营”改为“专卖专营”，并把修改后的这三句话写进了中编办的国家局“三定”方案中。国务院随后印发的调整烟叶和卷烟价税政策的紧急通知中，又再次重申：烟草属国家专卖品，国家对烟草行业实行统一领导，垂直管理，专卖专营。自此“统一领导、垂直管理、专卖专营”三句话十二字一直沿用下来。

“垄断经营”明确改为“专卖专营”的背景是什么，对行业有着怎样的意义和影响？国家局原党组书记、局长倪益瑾在《转折的中国烟草》一书中提到了这段历史：

“朱总理把‘垄断经营’明确地改为‘专卖专营’，4天之内开了两次会议，朱总理在会议上的两次重要讲话，不仅涉及烟叶价格和税改问题，而且涉及整个烟草工作的指导思想、管理体制、相关政策、内部管理、精神风貌等重大问题。”

“烟草行业的工作始终得到党中央、国务院领导同志的亲切关怀与有力支持。但是，由国务院总理亲自主持会议研究烟叶和卷烟价税政策的调整问题，这还是第一次。我认为，朱总理的指示非常重要、非常及时，也非常全面，给我们很大的鼓舞与鞭策，为我们落实十五大精神，在新形势下强化专卖、深化改革、加强内部建设、促进烟草行业跨世纪的持续、稳定和健康发展指明了前进方向，创造了有利条件。”

1997年，是行业改革发展进程中困难较大的一年。1997年计划种植烟叶4540万担，但收购了6800多万担，截至当时库存7000万担，其中2000万担烟叶还压在商业收购环节。此外卷烟无差别税率也导致高档烟迅速增长难以控制，低档烟缺乏刺激生产供应的调控手段。对于这些全行业上下反映强烈且十分焦虑的问题，朱总理亲自拍板，取消烟叶价外补贴，烟叶价格由烟草专卖局确定，烟叶农特税税率降低到20%，不再鼓励农民多种烟，卷烟消费税实行差别税率，拉开高低档卷烟消费税率档次。这些措施解决了困扰行业多年的难点问题，对于行业规范烟叶收购价格、烟叶和卷烟税率，更好发挥价格和税收的杠杆作用，防止烟叶和高档烟生产的盲目发展，保障烟草生产经营的健康运行具有重要而长远的意义。

为了更好地从更深层次解决问题，朱总理把“垄断经营”明确地改为“专卖专营”，进一步明确和巩固了行业的专卖管理体制，并对行业发挥专卖体制的作用寄予很大期望，为行业顶住压力，严格垂直管理撑腰鼓劲。他说：“垂直管理就是要管住，你们是代表国务院嘛！”同时也对行业工作提出更新更高更严的要求。朱镕基总理曾告诫金融系统的干部少吃请应酬，要求“少长点脂肪，多长点骨头”。这一次，他又要求行业“骨头要硬一点，精神要振奋一点，要有献身精神”，明确指示，3年内要消化2000万担烟叶库存，把库存降到正常水平。对此倪益瑾局长认为；“这既是对我们政治上的要求、廉政上的要求，也是对我们思想作风和工作作风上的要求。”

实践证明，“统一领导、垂直管理、专卖专营”三句话十二字对于烟草专卖制度的巩固完善具有重要指导作用。2005年，国务院文件指出：“按照《中华人民共和国烟草专卖法》等有关法律法规的要求，烟草行业继续实行‘统一领导、垂直管理、专卖专营’的管理体制。中国烟草总公司依法对所属工商企业的国有资产行使出资人权利，经营和管理国有资产，承担保值增值责任。”通过贯彻落实国务院文件精神，烟草行业理顺资产管理体制，中国烟草总公司作为一个特大型国有企业参与国际竞争，既维护专卖制度的权威性，又使专卖体制优势和市场机制作用得到进一步结合，专卖体制下的烟草行业更加充满生机和活力。

2007年《中华人民共和国反垄断法》颁布，法律规定对“依法实行专卖专营的行业，国家对其经营者的合法经营活动予以保护”。其重要意义在于，这是在社会主义市场经济条件下，把专卖制度用国家立法的形式再一次确定下来。至此，烟草行业的专卖管理和专卖经营可以运用法律手段和经济手段，并辅以必要的行政手段加以实现。