明清时期，随着烟草的传入，吸烟行为广为流行，吸烟者日益增多，上自公卿大夫下至农工商贾，遍及社会各个阶层。烟草种植愈加普遍，烟草制品不断增多，虽然政府因烟草种植广占耕地等原因多次颁布“禁烟令”，然而在“法轻利厚”的情况下，烟草工商业仍然得以迅速发展。

与此同时，烟丝加工业也逐步从农业中分离出来，成为独立的手工业生产部门，各地加工烟丝的手工作坊大量出现，江西、山东、广西、陕西等地的烟丝制造业十分发达，遍布城乡各地。江西瑞金烟丝作坊不下数百家，每家雇工数十人；在山东济宁，烟草种植与加工成为当地最重要的经济部门，烟丝加工作坊有六家，每年卖烟丝达白银200万两，雇用工人4000余人；在江西赣州地区，开设有烟丝加工作坊百家，每家有特地从福建、广东雇来的工人五六十人。各地出产的烟草产品也逐渐走向“品牌化”，如福建永定条丝烟、山西曲沃旱烟、甘肃兰州水烟都是当时的知名产品。其中，以兰州五泉山下的烟叶制成的“兰州水烟”最为著名，光绪年间最为鼎盛，时称“八大家，四小家，七十二毛毛家”。

伴随烟草生产、加工行业的发展，烟草商贸活动逐步扩大，形成了一批像福建漳州和泉州、湖南衡阳、湖北汉口、山东济宁、甘肃兰州、四川中坝等烟草贩运与销售的商业集散中心。为了保护手工业者和商人的利益，专门购销烟草的“行会”组织应运而生，江浙闽三省烟商会馆、上海县烟业公所、重庆渝城烟帮、北京河东烟行会馆、天津山西会馆、汉口烟皮业公会和烟帮公所都是当时烟草会馆的典型代表。相对发达的烟草流通渠道，进一步促进了烟草消费市场的繁荣，在全国各地形成了以烟铺、集市、庙会为营销点的小型零售商，以固定的烟号、烟店为营销点的大型批发商。明清时期，因烟具耗资较多，一般市井小民没有能力购买，于是在一些人口相对集中的城镇中出现了专门提供吸食旱烟或水烟的烟铺。据清代文学家方苞调查，仅在广西地区大的城镇就有烟铺二三十家，小的城镇也有十几家。明清时期烟草种植、生产、销售体系已经趋于成熟。